首先，也是最终的变化之一，相比老款车型的五速变速箱，新款FJR1300A和FJR1300ES车型都换上了六档变速箱，这也是雅马哈调查了客户的需求才做出的改变。当然这并非是简单的增加一对齿轮那么简单的事，雅马哈表示新款变速箱除了增加了一个档位，同时对其它档位的齿比也进行了优化调整，提高了一档和二档的齿比以获得更好的加速性能，同时四档和五档的齿比更加接近以获得更加平顺的巡航表现。
除了变速箱的升级之外，2016款车型还换上了滑动式离合器，无论是对于换挡效率还是车辆操控都有很大的帮助。外观上，这两款FJR1300整体风格都和老款车型一直，不过大灯经过了重新设计并且加入了LED日间行车灯和转向灯。
对于雅马哈的粉丝来说，IMU系统（Inertial Measurement Unit）已经不是多么新鲜的东西了，这套系统早已经在YZF-R1和其它跑车上出现过，但在FJR1300ES（FJR1300A没有）车型上出现的确有些意外，这套系统的出现也让这款原本就倾向于公路行驶的巡航车拥有了更加出色的操控。头灯组中的LED灯组能够通过调整角度在弯道中照亮大灯无法估计的位置，提高了夜间行车的安全性。
悬挂方面，FJR1300A和FJR1300ES都沿用了老款车型的悬挂，其中ES款车型的后悬挂拥有四种不同的预载设定满足驾驶者单人骑行、双人骑行、双人+行李以及介于它们之间的驾乘情况。
装备方面新款车型并没有更多的新鲜配置，传统的牵引力控制系统、巡航控制、电动调节风挡、ABS、UBS (Unified Braking System)、电加热车把、12V电源接口等都是老款车型上也都有的配置。
最后还是要来说一下动力，FJR1300系列车型的动力来自一台1298cc水冷DOHC直列四缸发动机，130马力和120N·m的动力对于一台巡航车来说已经足够使用，再配合新款变速箱，2016款车型的动力表现更加出色。
如果雅马哈FJR1300如果没有边箱和车头扰流罩的话更像是一款街车，这也使得这款车驾驶起来的感觉更加倾向于公路街车风格，而非哈雷那样的巡航车。新车将会在2016年3月份上市销售，价格会在2月份公布。
