以舒适豪华著称的休旅车一直是各大厂家的主打车系，所以几乎每隔一两年他们都会为自家的主打产品进行改进升级。2016年款雅马哈FJR1300最大的变革就是将原本的五速变速箱更新成六速变速箱，还增加了使用在R1上的辅助式滑动离合器，以此来防止激烈的降档时后轮锁死的现象，同时使离合器有着更为舒适的手感。
除此之外，前后灯组都改用LED材质，还加上重新设计的尾灯和一个弯道辅助型头灯。左右两颗头灯上方的LED灯，利用车上的电子设备侦测车身倾角，在过弯时会自动亮起来让路线看的更清楚。
另外仪表盘也进行了升级，车身还多了一个新配色“消光银”可选。
FJR1300A/AE/AS 新功能:
全新六速变速系统New 6 speed transmission
辅助式滑动离合器Assist and slipper (A&S) clutch
四组式LED头灯
六组式LED过弯辅助灯 (AE/AS 版本限定)
LED定位灯 LED方向灯
全新设计三表仪表板
全新设计的尾翼及LED灯组
全新设计的尾部导流板
已预备好与D-Air系统结合
悬挂规格
欧版
A= 48mm正叉
AE= 48mm倒叉
AS =48mm倒叉 预载阻尼可调
美版
A 前48mm正叉 全可调 后单枪避震 预载阻尼可调
ES 前43mm倒叉 电子式阻尼可调 后单枪避震 电子式预载阻尼可调
2016 Yamaha FJR1300 规格表
引擎形式 四冲水冷并列四汽缸DOHC 16气门
全长 2230mm
全高 1325mm/1455mm
轴距 1545mm
离地间隙 130mm
座高 805/825mm
湿重 289kg
车架 铝合金钻石型
总排气量 1298cc
供油方式 电子燃油喷注系统
启动方式 电启动
缸径X行程 79.0mm x 66.2mm
压缩比 10.8:1
最高马力 146.2hp / 8,000rpm
最大扭力 14.1kg-m/7,000rpm
油箱容量 25升
传动形式 六速轴传动 湿式多片离合器
前悬吊系统 48mm套管前叉 ，135mm行程(A版本)
前悬吊系统 电子悬吊 四段弹簧预载设定 三种阻尼设定(ES)
后悬吊系统 连杆式单筒油压避震，125mm行程
轮胎(前) 120/70 ZR17 M/C(58W)
轮胎(后) 180/55 ZR17 M/C(73W)
前刹车系统 320mm双碟四活塞对向卡钳
后刹系统 282mm剎车碟单活塞卡钳
